Aiutare i ricercatori del cancro senso di diluvio di dati genetici

Aprile 21, 2016 Admin Salute 0 4
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Una nuova migliore strumento di ricerca internet sta aiutando cancro ricercatori e medici senso da un diluvio di dati genetici di quasi 100.000 pazienti e più di 50.000 topi.

Lo strumento, denominato Expression Gene Barcode 3.0, sta dimostrando di essere una risorsa vitale nella nuova era della medicina personalizzata, in cui trattamenti contro il cancro sono su misura per il corredo genetico di tumore del singolo paziente.

Significativi miglioramenti nell'espressione genica Barcode 3.0 sono riportati nel numero di gennaio della rivista Nucleic Acids Research, pubblicato online prima della stampa. Senior autore è Michael J. Zilliox di Loyola University Chicago Stritch School of Medicine. Zilliox è co-inventore del Gene Expression Barcode.




"Lo strumento ha due vantaggi principali", ha detto Zilliox. "E 'veloce ed è gratis." L'espressione genica Barcode è disponibile ad un http://barcode.luhs.org/ sito web progettato e ospitato da Loyola University Chicago Stritch School of Medicine. Il sito riceve 1.600 visitatori unici al mese.

Sapere come i geni del cancro di un paziente sono espressi può aiutare un medico elaborare un trattamento individualizzato. In una cellula tumorale, per esempio, alcuni geni sono accesi (espressa) mentre altri geni sono spenti (inespresso). Inoltre, diversi tipi di cellule tumorali hanno differenti pattern di espressione genica. I geni sono espressi attraverso RNA, un acido nucleico che funge da messaggero per eseguire istruzioni DNA per produrre proteine.

Gli istituti di ricerca hanno reso pubblici i dati genetici di circa 100.000 pazienti, la maggior parte dei quali aveva il cancro, e più di 50.000 topi di laboratorio. In forma grezza, tuttavia, questi dati sono troppo ingombranti per essere di grande utilità pratica per molti ricercatori. L'espressione genica Barcode applica tecniche statistiche avanzate per rendere questa massa di dati molto più user-friendly per i ricercatori.

L'algoritmo del codice a barre è stato progettato per valutare quali geni sono espressi e che sono inespresse. Come un codice a barre supermercato, il Gene Expression Barcode è binario, il che significa che si compone di uno e zero - i geni espressi sono quelli ei geni inespressi sono zeri.

Zilliox co-inventato il Gene Expression Barcode, insieme a Rafael Irizarry, PhD. (Al momento, Zilliox e Irizarry erano presso la Johns Hopkins University.) Zilliox entrato Loyola nel 2012, e Irizarry ora è al Dana Farber Cancer Institute. Zilliox e Irizarry segnalati il ​​Gene Expression Barcode nel 2007. Nel 2011, hanno segnalato una versione migliorata 2.0. Il codice a barre è già stato citato in più di 120 articoli scientifici, e la nuova versione 3.0 renderà ancora più semplice e veloce per i ricercatori di utilizzare, Zilliox detto.

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