Archivio di geni-malattia mostra potenziali terapie farmacologiche

Giugno 5, 2016 Admin Salute 0 0
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I ricercatori della Washington University School of Medicine di St. Louis hanno creato un database online di massa che soddisfa migliaia di geni legati al cancro e altre malattie con farmaci che hanno come target quei geni. Alcuni dei farmaci sono approvati dalla US Food and Drug Administration, mentre altri sono in studi clinici o semplicemente entrare nella pipeline di sviluppo dei farmaci.

Il database è stato sviluppato da gemelli identici, Obi Griffith, PhD, e Malachia Griffith, PhD, il cui interesse per i farmaci di abbinamento con i geni è tanto personale quanto è scientifico. La loro madre è morta di cancro al seno 17 anni fa, poche settimane prima del loro diploma di scuola superiore.

"Abbiamo voluto creare un database completo che è facile da usare, qualcosa sulla falsariga di un motore di ricerca di Google per i geni della malattia", ha spiegato Malachia Griffith, un istruttore di ricerca nel campo della genetica. "Mentre ci muoviamo verso la medicina personalizzata, c'è un sacco di interesse per sapere se i farmaci possono indirizzare i geni mutati in pazienti particolari o di alcune malattie, come il tumore al seno o ai polmoni. Ma non è stato un modo semplice per trovare le informazioni."




I dettagli del database di Interaction Drug Gene sono riportati online il 13 ottobre a Nature Methods. Il database è pesata pesantemente verso geni del cancro, ma comprende anche i geni coinvolti nella malattia di Alzheimer, le malattie cardiache, diabete e molte altre malattie. Il Griffiths ha creato il database con un team di scienziati del Genome Institute presso la Washington University di St. Louis.

La banca dati è facile per la ricerca e orientata verso ricercatori e medici-scienziati che vogliono sapere se gli errori nei geni malattia - individuati attraverso il sequenziamento del genoma o altri metodi - potenzialmente potrebbero essere mirati con terapie farmacologiche esistenti. Geni aggiuntivi inclusi nel database potrebbe essere al centro delle future iniziative di sviluppo di farmaci perché appartengono a classi di geni che si pensa di fare bersagli farmacologici promettenti.

"Sviluppare il database è stato un atto d'amore per il Griffiths," ha detto l'autore senior Richard K. Wilson, PhD, direttore del Genome Institute. "C'è una sorprendente profondità a questa risorsa, che sarà preziosa per i ricercatori che lavorano per progettare migliori opzioni di trattamento per i pazienti."

Wilson ei suoi colleghi avvertono che il database è destinato a scopo di ricerca e che non raccomanda trattamenti. Lo scopo principale del database è quello ulteriori ricerche cliniche volte a trattare in modo più efficace le malattie.

"Questo database ci porta un passo più vicino a questo obiettivo", ha detto Malachia Griffith. "E 'una risorsa davvero ricco, e siamo entusiasti di renderlo disponibile alla comunità scientifica."

La banca dati, che ha avuto diversi anni per svilupparsi, è a disposizione del pubblico e gratuito. Esso comprende più di 14.000 interazioni farmaco-gene che coinvolgono 2.600 geni e 6.300 farmaci che hanno come target quei geni. Altri 6.700 geni sono nel database, perché potenzialmente potrebbero essere mirate con farmaci futuri.

Prima d'ora, i ricercatori vogliono scoprire se i geni malattia potrebbe essere mirati con farmaci dovevano cercare frammentario attraverso la letteratura scientifica, i database studi clinici o di altre fonti di informazione, alcuni dei quali non erano disponibili al pubblico o facili da trovare. Inoltre, molte delle banche dati esistenti sono diversi modi di identificare geni e farmaci, una barriera "linguaggio" che può trasformare una ricerca definitiva in un esercizio esaustivo.

I fratelli Griffith sono esperti in bioinformatica, un campo della scienza che integra la biologia e informatica e coinvolge l'analisi di grandi quantità di dati. I fratelli avuto l'idea per il database interazione farmaco-gene dopo che ripetutamente è stato chiesto se gli elenchi dei geni individuati attraverso il sequenziamento del genoma del cancro potrebbero essere mirate con farmaci esistenti.

"Non dovrebbe prendere un mago del computer per rispondere a questa domanda", ha detto Obi Griffith, professore assistente di ricerca di medicina. "Ma in realtà, spesso abbiamo dovuto scrivere software speciale per scoprire. Ora, i ricercatori possono rapidamente e facilmente cercare per se stessi."

La nuova banca dati raccoglie le informazioni provenienti da 15 banche dati accessibili al pubblico negli Stati Uniti, Canada, Europa e Asia. Gli utenti possono inserire il nome di un singolo gene o liste di molti geni per recuperare farmaci destinati quei geni. La ricerca fornisce i nomi dei farmaci mirati per ogni gene e dettagli se il farmaco è un inibitore, anticorpo, vaccino o un altro tipo. I risultati della ricerca indicano anche la fonte delle informazioni così gli utenti possono scavare più a fondo, se lo desiderano.

La ricerca è sostenuta da una sovvenzione (U54 HG003079) dal National Human Genome Research Institute presso il National Institutes of Health (NIH).

Griffith M, Griffith OL, Coffman AC, Weible JV, McMichael JF, Spies NC, Koval J, Das io, Callaway MB, Eldred JM, Miller CA, Subramanian J, Govindan R, Kumar RD, Bose R, Ding L, Walker JR , Larson DE, Dooling DJ, Smith SM, Ley TJ, Mardis ER e Wilson RK. DGIdb - Mining genoma druggable. Nature Methods. 13 ottobre 2013.

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