Circa dieci anni fa, la scoperta dei microRNA - piccole molecole cellulari che regolano il nostro codice genetico - sbloccato un mondo di possibilità scientifiche, tra cui una più profonda comprensione delle malattie umane. Una nuova tecnologia di analisi è "sequenziamento profondo", che offre agli scienziati la possibilità di scoprire preziose informazioni sulle malattie umane a livello genetico. Ora, i ricercatori dell'Università di Tel Aviv hanno sviluppato la tecnologia all'avanguardia per analizzare meglio questi risultati.

Il software, chiamato miRNAkey, è stato sviluppato da Roy Ronen come parte di un team di ricercatori guidato dal dottor Noam Shomron della Facoltà di Medicina Sackler. Dr. Shomron dice che miRNAkey cerca modelli microRNA in entrambi i tessuti sani e malati, migliorare la comprensione degli scienziati dei dati raccolti dalla tecnologia di sequenziamento profondo.

Il pacchetto software è stato recentemente descritto sulla rivista Bioinformatica.

Dare un senso di modelli microRNA

Sequenziamento profondo viene utilizzato per determinare la sequenza finale e l'espressione di DNA o RNA cellulare. Una volta che queste molecole sono estratti, gli scienziati devono essere in grado di leggere le informazioni preziose che le forniture di dati. Tra questi, la intera sequenza umana del genoma, l'espressione dei geni del genoma, e le molecole, come microRNA, che regolano l'espressione genetica. In breve, essa permette ai biologi di vedere ulteriormente in genetica umana e determinare dove e quando potrebbero verificarsi malfunzionamenti genetiche.

Fino ad ora ci sono stati pochissimi codici unificati che potrebbe interpretare quali informazioni il microRNA tenuto, e nessuno in grado di funzionare su un computer locale o spiegare i comportamenti ambigui microRNA. La soluzione è il programma miRNAkey, dice il Dott Shomron. È stato progettato per individuare le molecole microRNA, determinare il suo livello, quindi generare informazioni statisticamente importante da esso.

"Tale identificazione dei microRNA ci permette di manipolarli", spiega il Dr. Shomron. Un esempio di questo potenziale manipolazione è l'alterazione dei tumori maligni. In uno studio Dr. Shomron e il suo team di ricercatori sono stati in grado di identificare le molecole di microRNA rilevanti in una forma maligna aggressiva di cancro. Hanno poi inserito il, forma non aggressiva sana di questi microRNA nel malata, molecole aggressive. In un modello animale, ciò ha determinato un rallentamento significativo della crescita tumorale.

Risultati da destra allo schermo del computer

Con il suo software, dice il Dott Shomron, i dati ottenuti dal sequenziamento profondo possono essere analizzati rapidamente e correttamente, permettendo agli scienziati di dare uno sguardo più profondo sul comportamento della malattia e potenzialmente costruire trattamenti specializzati con questa conoscenza. Essa può anche favorire la creazione di "farmaci intelligenti" che prendono di mira le cellule danneggiate individuali.

Con una interfaccia user-friendly, miRNAkey può essere utilizzato su qualsiasi computer locale a fianco della corretta tecnologia di sequenziamento profondo. Caratteristiche uniche come le statistiche di dati e report dettagliati forniscono informazioni preziose su microRNA estratto, osserva il dottor Shomron.