Firme oncogeni mappati in aiuti TCGA nello sviluppo di una terapia personalizzata

Aprile 11, 2016 Admin Salute 0 1
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Disegno dello studio clinico di nuove terapie per il cancro è stato storicamente focalizzata sul tessuto di origine di un tumore, ma una carta da ricercatori del Memorial Sloan-Kettering Cancer Center pubblicato il 26 settembre in Nature Genetics sostiene un nuovo approccio: una basata sulla firma genomica di un tumore piuttosto che il tessuto di origine nel corpo.

E 'ben noto che l'emergere di cancro è un processo multi-step, ma a causa degli sforzi di The Cancer Genome Atlas (TCGA), finanziato dal National Institutes of Health, e altri genomica del cancro su larga scala gli sforzi, per il prima volta che questo processo può essere visto in dettaglio molecolare squisita, mutazioni mappatura e altri eventi molecolari che interessano qualsiasi dei 20.000 geni in una cellula umana.

Ora, due principali ipotesi sono state confermate dall'analisi genomica di più di 3000 campioni da 12 diversi tipi di tumore: un numero limitato di eventi genetici specifici sembra causare maggior sottotipi tumorali e tumori possono essere raggruppati per le firme oncogenici essi contenuti, non importa ciò che il tessuto di origine. Che queste firme oncogeni sono largamente indipendenti del tessuto particolare in cui si pone il cancro indica che alcune combinazioni di farmaci può essere utile per i pazienti selezionati con diversi tipi di cancro.




"Negli studi clinici futuri, prevediamo che i pazienti con un certo tipo di cancro endometriale, per esempio, possono essere iscritti nello stesso processo come i pazienti con un sottotipo di tumore del colon-retto, e che la selezione dei pazienti per gli studi clinici possono essere guidati da genomica del cancro profilatura in clinica, "ha dichiarato Chris Sander, uno dei principali ricercatori del Genome Data Analysis Center Memorial Sloan-Kettering. "Questo lavoro ha lo scopo di aiutare nella progettazione di tali prove e lo sviluppo di terapie tumorali più-personalizzati."

La capacità di rivelare serie di eventi che provocano il cancro in dettaglio molecolare si basa su tre principali sviluppi tecnici e scientifici nel corso dell'ultimo decennio. Le nuove tecnologie genomiche high-throughput e ridurre i costi operativi hanno consentito la raccolta di dati genetici da molte migliaia di tumori. L'esperienza e la conoscenza accumulata in genomica del cancro in molti laboratori ci ha insegnato che delle molte alterazioni molecolari nel cancro potrebbero contribuire alla oncogenesi. Collegamento dati e conoscenze, nuovi algoritmi e metodi per l'analisi dei dati di grandi dimensioni nel settore della biologia computazionale offrono la possibilità di trovare le proverbiali aghi nel pagliaio: per derivare firme genetiche molecolari che causano il cancro e collegarli a sottotipi di tumore e potenziali terapie sulla sfondo di livelli estremamente elevati di rumore informativo.

Il team Memorial Sloan-Kettering e dei loro colleghi TCGA e il piano internazionale Cancer Genome Consortium per espandere queste analisi complete a decine di migliaia di campioni di tumore. Uno scorcio del paesaggio tumore molecolare in oltre 13.000 campioni di tumore è già accessibile nel cBioPortal for Cancer Genomics a http://www.cbioportal.org.

Autori principali dello studio sono Giovanni Ciriello, Nikolaus Schultz, e Chris Sander del Centro di Biologia Computazionale al Memorial Sloan-Kettering.

L'attuale ricerca è stata sostenuta in parte dal National Cancer Institute in premio numero U24 CA143840.

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