I ricercatori Unravel Anthrax Genomes

Marzo 17, 2016 Admin Salute 0 2
FONT SIZE:
fontsize_dec
fontsize_inc

9 maggio 2002 - I ricercatori riportano oggi il confronto genetico di due importanti isolati del batterio antrace: il ben noto ceppo Ames e un isolato dai recenti attacchi all'antrace Florida. Sebbene lo studio non individuare l'origine esatta dell'isolato Florida, conferma precedenti relazioni scientifiche che il batterio è derivato dal ceppo Ames. Inoltre, lo studio mostra come la tecnologia di sequenziamento dell'intero genoma e metodi computazionali possono essere un potente approccio per analizzare l'antrace e altre epidemie batteriche. Queste tecniche permetteranno ai ricercatori di tracciare con maggiore precisione l'origine dei singoli ceppi batterici, determinare se tali ceppi sono stati geneticamente modificati, e valutare le differenze nella loro capacità di causare malattie o resistere antibiotici. Il report viene visualizzato online il 9 maggio a Science Express.

"Questo studio fornisce un quadro di riferimento per la ricerca sulla variazione genetica tra i ceppi batterici antrace", spiega Anthony S. Fauci, MD, direttore dell'Istituto Nazionale di allergie e malattie infettive (NIAID). NIAID ha collaborato con l'Office of Naval Research (ONR), la National Science Foundation, e altre agenzie per finanziare la ricerca. "Siamo ora in grado espandere queste informazioni generando sequenze genomiche per molti diversi ceppi di antrace, che ci permette di distinguere tra di loro a livello di singolo nucleotide."

I nucleotidi sono i mattoni del DNA, tipicamente descritto come le basi di una singola lettera A, C, G e T. L'ordine o la sequenza di quei nucleotidi determina i prodotti codificati dai singoli geni. Per imparare l'ordine nucleotide completo per il batterio dell'antrace, Bacillus anthracis, nel 1999 NIAID e altre agenzie governative fornito finanziamenti per l'Istituto per Genomic Research (TIGR) in Rockville, Md., Per sequenziare il ceppo Ames. Questo ceppo, contrariamente al suo nome, è stato isolato da una mucca del Texas nel 1981 ed è stato un fiocco di ricerca antrace in molti laboratori. Nel recente studio, scienziati provenienti da TIGR e Northern Arizona University confrontato le informazioni acquisite dalla sequenza Ames con l'intera sequenza del genoma del antrace isolato Florida.




Guidati da di TIGR Timothy Read, Ph.D., Steven Salzberg, Ph.D., e Claire Fraser, Ph.D., i ricercatori hanno determinato molte aree della variabilità genetica tra i due batteri. Con screening altro antrace conosciuta isola per le differenze in queste regioni, gli investigatori hanno confermato precedenti relazioni che la Florida B. anthracis isolato è stato derivato dal ceppo Ames e ristretto le sue origini a un lignaggio Ames definito. Oltre all'originale ceppo 1981, solo un altro isolato Ames stato segnalato, da una capra Texas nel 1997. Analizzando le regioni recente scoperta di B. anthracis variabilità DNA, i ricercatori hanno determinato il ceppo Florida deriva dal isolare originale, non il ceppo 1997 capra. Il loro studio suggerisce anche il ceppo Florida non era stato geneticamente modificato.

Lo studio non individuare l'origine esatta del ceppo Florida, tuttavia, e non rivela grandi differenze tra l'originale Ames isolare e batteri ottenuti dagli attacchi Florida. Pertanto, anche se il documento mostra che sequenziamento dell'intero genoma in grado di distinguere tra due isolati connessi, non fornisce un ampio set di marcatori genetici per analizzare diversi ceppi di antrace in natura. Che ci si aspettava, secondo il dottor Read, perché i due batteri studiati sono dello stesso ceppo. "E 'come prendere due cugini di primo grado da un remoto villaggio, determinando le loro differenze, e poi cercando di differenziare l'intera razza umana sulla base di tali differenze," spiega. Per descrivere completamente B. anthracis in natura, continua, i ricercatori hanno bisogno di esaminare i ceppi più imparentati alla lontana per raccogliere la componente a pieno di differenze genetiche.

Per realizzare questo compito, NIAID ha fornito ulteriori finanziamenti per TIGR, in collaborazione con la Northern Arizona University, per un esteso, completa analisi genomica di almeno 14 ceppi B. anthracis e batteri strettamente correlati. TIGR sarà sequenza selezionare batteri per fornire un database di informazioni genomiche che possono essere utilizzati per distinguere tra i diversi ceppi e per monitorare eventuali cambiamenti che possono comparire nel genoma batterico. La banca dati sarà anche aiutare i ricercatori a saperne di più circa la variabilità genetica che causa le differenze nelle proprietà biologiche dei singoli ceppi.

B. anthracis sforzi di sequenziamento del NIAID hanno sviluppato dal impegno di lunga data dell'Istituto di genomica microbica, un impegno che si è ampliata con una rinnovata attenzione sulla biodifesa. Analisi genomica è una pietra miliare della recente pubblicazione dell'agenda di ricerca biodefense del NIAID, e gli scienziati hanno già iniziato a decifrare i progetti genetici dei microbi che causano tali potenziali minacce bioterror come la peste, la brucellosi, e un'epidemia di tifo. Alla fine del 2001, NIAID istituito il Centro di Ricerca Pathogen Genomica Funzionale a TIGR per servire come informazione e reattivo risorsa per gli scienziati che studiano la genomica microbica.

La ricchezza di informazioni ottenute da studi di genomica fornirà un quadro di riferimento per l'individuazione di nuovi e specifici bersagli per nuovi farmaci o vaccini per combattere le infezioni da entrambi i microbi naturalmente presenti e potenziali attacchi biologici. Sequenze genomiche anche portare a metodi altamente specifici per rapidamente individuare e identificare diversi patogeni, una necessità critica per la difesa contro il bioterrorismo.

Riferimento: TD Read et al. Comparative sequenziamento del genoma per la scoperta di nuovi polimorfismi in Bacillus anthracis. Science Express in linea, 9 maggio 2002.

Comunicati stampa, schede tecniche e altre NIAID materiali sono disponibili sul sito Web all'indirizzo NIAID http://www.niaid.nih.gov.

NIAID è un componente del National Institutes of Health (NIH). NIAID supporta la ricerca di base e per prevenire, diagnosticare e trattare le malattie infettive e immunomediate, compreso l'HIV/AIDS e altre malattie sessualmente trasmissibili, la malattia da parte di potenziali agenti di bioterrorismo, la tubercolosi, la malaria, malattie autoimmuni, asma e allergie applicata.

(0)
(0)

Commenti - 0

Non ci sono commenti

Aggiungi un commento

smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile
Caratteri rimanenti: 3000
captcha