Nuovo modello di calcolo in grado di predire la sopravvivenza del cancro al seno

Aprile 12, 2016 Admin Salute 0 2
FONT SIZE:
fontsize_dec
fontsize_inc

Ricercatori Columbia ingegneria, guidati da Dimitris Anastassiou, Charles Batchelor professore di Ingegneria Elettrica e membro dell'Iniziativa Columbia in Systems Biology, hanno sviluppato un nuovo modello di calcolo che è altamente predittivo di sopravvivenza del cancro al seno.

Il team, che ha vinto il Saggio Bionetworks/SOGNO Breast Cancer prognosi sfida per questo lavoro, ha pubblicato i loro risultati - "Sviluppo di un modello prognostico per Breast Cancer sopravvivenza in un Open Sfida Environment" - nel 17 aprile di Science Translational Medicine .

In precedenti lavori, Anastassiou e il suo team avevano identificato ciò che egli chiama "Metagene attrattori," firme genetiche che sono presenti in forma quasi identica in molti tipi di cancro. Lavorare con i suoi dottorandi Wei-Yi Cheng e Tai-Hsien Ou Yang, ha preso queste firme e testate nelle Bionetworks Sage/SOGNO Breast Cancer Prognosi Sfida, uno sforzo crowd-sourced per il seno accurata la prognosi del cancro utilizzando i dati molecolari e clinici. Il team ha sviluppato un modello prognostico che hanno mostrato che queste firme di cancro, se correttamente combinati, sono forti predittori di sopravvivenza del cancro al seno.




"Queste firme si manifestano in geni specifici che sono attivati ​​insieme nei tessuti di alcuni pazienti in molti tipi di cancro diversi" spiega Anastassiou. ? "E se queste firme generali del cancro sono utili nel cancro al seno, come abbiamo dimostrato in questa sfida, perché non in altri tipi di cancro e penso che il più significativo - ed emozionante - implicazione del nostro lavoro è la speranza che queste firme possono essere utilizzati per il miglioramento, prognostici, e, infine, i prodotti terapeutici diagnostici, applicabili a molteplici tipi di cancro. "

Attualmente ci sono già ampiamente utilizzati prodotti biomarker che guardano specifici geni nelle biopsie di pazienti affetti da cancro, in modo che i medici possano decidere se particolari trattamenti sono appropriati. "Alcuni di questi geni sono legati a quelli delle nostre firme", dice, "quindi vale la pena di scoprire se la sostituzione di tali geni con le nostre precise firme 'pan-cancro' migliorerà l'accuratezza di questi prodotti."

Anastassiou, che lavora in biologia dei sistemi, un campo interdisciplinare emergente, che si concentra sulle interazioni all'interno dei sistemi biologici, spera di collaborare con i ricercatori medici che studiano i meccanismi biologici alla base di queste firme cancro. Pensa di queste firme come "caratteristiche bioinformatici di cancro", un termine coniato da Jessica Kandel, R. Peter Altman Professore di Chirurgia e Pediatria in Istituto della Columbia for Cancer Genetics, con i quali collabora.

"Le caratteristiche di cancro", spiega, "stanno unificando le capacità biologiche presenti in tutti i tumori, come descritto in alcuni articoli fondamentali. Pensiamo che ora abbiamo raggiunto il punto in cui la biologia dei sistemi può anche identificare tali caratteristiche."

"Siamo entusiasti del fatto che l'approccio innovativo Metagene di Anastassiou ha vinto la sfida e sta ottenendo la visibilità che si merita giustamente," afferma Stephen H. Amico, presidente e co-fondatore, Sage Bionetworks. "Il team di Anastassiou ha dimostrato grinta e una comprensione da parte di ciò che era necessario per sviluppare un modello di 'generalizzabile' che ha ottenuto il punteggio più alto CCI contro la sfida insieme di dati di convalida appena generato."

Anastassiou e il suo team hanno trovato la Sage Bionetworks/SOGNO Sfida un modo molto produttivo per concentrarsi su un compito specifico di ricerca. Egli ha detto che la sfida fornito un ambiente di ricerca vivace dove numerosi partecipanti sono stati apertamente sottoponendo i loro modelli e aveva accesso a modelli altrui come sono stati sviluppati. Le squadre sono state inoltre incoraggiate a integrare gli altri modelli in proprio. Trecento cinquantaquattro partecipanti provenienti da più di 35 paesi hanno registrato per la sfida e hanno presentato più di 1700 modelli.

Lo studio è stato finanziato dalla allocazione di Ateneo per l'inventore di ricerca - i brevetti da quello che chiama il suo Anastassiou "vita precedente", quando stava facendo ricerche su un argomento totalmente diverso: la televisione digitale. I suoi brevetti sono ora utilizzati nelle norme internazionali per tutte le forme di DVD tra cui dischi HDTV Blu-ray e trasmissioni televisive digitali.

(0)
(0)

Commenti - 0

Non ci sono commenti

Aggiungi un commento

smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile
Caratteri rimanenti: 3000
captcha